反滲透膜物理清洗是指利用原水泵加壓，利用潔凈水源對反滲透膜進行沖洗。但發生以下情況時，物理沖洗已經不能使反滲透膜的性能恢復，這時就需要進行化學清洗。

     ① 標準化條件下的產水量下降10 – 15 %；

    ② 進水和濃水之間的系統壓差升高到初始值的1.5倍；

     ③ 產水水質下降10-15%。

一般的化學清洗步驟如下所示。具體的事項根據現場的工作條件及清洗的要求確定。

      ① 沖洗膜元件。用反滲透產水或離子交換水進行幾分鐘沖洗。

       ② 配置藥品。保證藥品完全溶解。

      ③ 循環。用低流量置換膜元件中的水，排放一部分清洗液后，進行循環。循環流量以表8的范圍為準。污染嚴重時，如果選擇大流量循環，則有可能會產生壓差過高的問題，從而損壞膜元件（單支膜元件最大壓降0.07 MPa）。此時，采用以下方法進行操作比較可靠：

        -  循環運行開始5分鐘，按設定流量1/3的量進行循環；

        -  循環5 – 10分鐘間，按設定流量2/3的循環流量循環；

       - 10分鐘后按流量要求循環。

        循環的時間要根據具體情況決定。一般以1小時為準。這期間要隨時檢測pH值是否變化。壓力應該盡量保持較低的水平，盡可能的沒有產水出現。同時監測壓差是否有變化。